plugins/base2/uk.ac.ebi.tab2mage/trunk/Tab2MageImporter/ta2mage- agilent.txt

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
379 08 Aug 07 dominic 1 Experiment section  
379 08 Aug 07 dominic 2 domain  ebi.ac.uk
379 08 Aug 07 dominic 3 accession  E-NUTR-XX
379 08 Aug 07 dominic 4 name  Expression patterns in liver after resveratrol treatment of mice on a high-calorie diet
379 08 Aug 07 dominic 5 description  "GEO Series GSE6089: Resveratrol (3,5,4'-trihydroxystilbene) extends the lifespan of diverse species including yeast, worms, and flies. In these organisms, lifespan extension is dependent on Sir2, a conserved deacetylase proposed to underlie the beneficial effects of caloric restriction (CR). Here we show that resveratrol shifts the physiology of middle-aged mice on a high-calorie diet towards that of mice on a standard diet and significantly increases their survival. Resveratrol produces changes associated with longer lifespan including increased insulin sensitivity, reduced IGF-1, increased AMPK and PGC-1? activity, increased mitochondrial number, and improved motor function. Parametric analysis of gene set enrichment (PAGE) revealed that resveratrol opposed the effects of the high-calorie diet in 144 out of 153 significantly altered pathways. These data show that improving general health in mammals using small molecules is an attainable goal and point to new approaches for treating obesity-related disorders and diseases of ageing."
379 08 Aug 07 dominic 6 experiment_design_type  compound_based_design
379 08 Aug 07 dominic 7 quality_control  Biological replicates
379 08 Aug 07 dominic 8 organization  "National Institute on Aging, NIH, Research Resources Branch, Gene Expression and Genomics Unit"
379 08 Aug 07 dominic 9 submitter  Kevin G Becker
379 08 Aug 07 dominic 10 publication_title  Resveratrol improves health and survival of mice on a high-calorie diet.
379 08 Aug 07 dominic 11 authors  "Baur JA, Pearson KJ, Price NL, Jamieson HA, Lerin C, Kalra A, Prabhu VV, Allard JS, Lopez-Lluch G, Lewis K, Pistell PJ, Poosala S, Becker KG, Boss O, Gwinn D, Wang M, Ramaswamy S, Fishbein KW, Spencer RG, Lakatta EG, Le Couteur D, Shaw RJ, Navas P, Puigserver P, Ingram DK, de Cabo R, Sinclair DA"
379 08 Aug 07 dominic 12 journal  Nature
379 08 Aug 07 dominic 13 volume   444
379 08 Aug 07 dominic 14 issue   7117
379 08 Aug 07 dominic 15 pages   337-342
379 08 Aug 07 dominic 16 year   2006
451 30 Oct 07 dominic 17 submission_date  15/06/2006
451 30 Oct 07 dominic 18 release_date  05/11/2006
379 08 Aug 07 dominic 19
451 30 Oct 07 dominic 20 Protocol section
451 30 Oct 07 dominic 21 accession  name  text  parameters  type
451 30 Oct 07 dominic 22 P-NUTR-1  treatment    vehicle;route;preservation method; diet availability  grow
451 30 Oct 07 dominic 23 P-NUTR-2  extraction  Total RNA was extracted with the Qiagen RNEasy Columns    extraction
451 30 Oct 07 dominic 24 P-NUTR-3  labeling  Agilent low RNA Input Linear Amplification Kit using Cyanine-5-CTP    labeling
451 30 Oct 07 dominic 25 P-NUTR-4  hybridization  "17 hour incubation following Agilent protocols using 750ng of both Cy3 and Cy5 labeled material, In Situ Hybridization Kit reagents and control probes followed by a 10 minute room temperature wash in 6X SSC,0.005% tritonX-102 and 5 minutes at 4 degrees C in 0.1X SSC, 0.005% Triton X-102. The arrays were dried in a Nitrogen stream and scanned."  probe amount;duration  hybridization
451 30 Oct 07 dominic 26 P-NUTR-5  scanning  Arrays were scanned using an Agilent Scanner G2565AA .  scanner  scanning
379 08 Aug 07 dominic 27
451 30 Oct 07 dominic 28 Hybridization section
379 08 Aug 07 dominic 29 File[raw]  Array[accession]  FactorValue[compound]  FactorValue[Dose]  FactorValue[Exposure(month)]  FactorValue[diet]  BioSource  BioMaterialCharacteristics[animal identifier]  BioMaterialCharacteristics[Organism]  BioMaterialCharacteristics[StrainOrLine]  BioMaterialCharacteristics[Provider]  BioMaterialCharacteristics[Age]  BioMaterialCharacteristics[DevelopmentStage]  BioMaterialCharacteristics[Sex]  BioMaterialCharacteristics[OrganismPart]  Sample  Protocol[grow]  Parameter[diet availability]  Parameter[route]  Parameter[vehicle]  Parameter[preservation method]  SampleMaterial  Extract  Protocol[extraction]  ExtractMaterial  LabeledExtract  Protocol[labeling]  Dye  LabeledExtractMaterial  Hybridization  Protocol[hybridization]  Parameter[duration]  Parameter[probe amount]  Scan  Protocol[scanning]  Parameter[scanner]
379 08 Aug 07 dominic 30 GSM140954.txt  Agilent-012694 Whole Mouse Genome G4122A      18  Standard Diet AIN-93G  GSM140954  1  Mus musculus  C57BL/6  NIA  78 weeks  adult  male  liver  GSM140954  P-NUTR-1  ad libitum  oral    snap frozen in liquid nitrogen  whole_organ  GSM140954  P-NUTR-2  total_RNA  source1  P-NUTR-3  Cy3  cDNA  GSM140954   P-NUTR-4  17 h  750 ng  GSM140954   P-NUTR-5  Agilent Scanner G2565AA
379 08 Aug 07 dominic 31 GSM140954.txt  Agilent-012694 Whole Mouse Genome G4122A      18  Standard Diet AIN-93G  GSM140954  pool  Mus musculus  C57BL/6  NIA  78 weeks  adult  male  liver  GSM140954  P-NUTR-1  ad libitum  oral    snap frozen in liquid nitrogen  whole_organ  GSM140954  P-NUTR-2  total_RNA  source2  P-NUTR-3  Cy5  cDNA  GSM140954   P-NUTR-4  17 h  750 ng  GSM140954   P-NUTR-5  Agilent Scanner G2565AA
379 08 Aug 07 dominic 32 GSM140955.txt  Agilent-012694 Whole Mouse Genome G4122A      18  Standard Diet AIN-93G  GSM140955  2  Mus musculus  C57BL/6  NIA  78 weeks  adult  male  liver  GSM140955  P-NUTR-1  ad libitum  oral    snap frozen in liquid nitrogen  whole_organ  GSM140955  P-NUTR-2  total_RNA  source3  P-NUTR-3  Cy3  cDNA  GSM140955   P-NUTR-4  17 h  750 ng  GSM140955   P-NUTR-5  Agilent Scanner G2565AA
379 08 Aug 07 dominic 33 GSM140955.txt  Agilent-012694 Whole Mouse Genome G4122A      18  Standard Diet AIN-93G  GSM140955  pool  Mus musculus  C57BL/6  NIA  78 weeks  adult  male  liver  GSM140955  P-NUTR-1  ad libitum  oral    snap frozen in liquid nitrogen  whole_organ  GSM140955  P-NUTR-2  total_RNA  source4  P-NUTR-3  Cy5  cDNA  GSM140955   P-NUTR-4  17 h  750 ng  GSM140955   P-NUTR-5  Agilent Scanner G2565AA

Generated on Tue Nov 21 03:45:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)